目录 2010年1月:大豆基因组首次发表(Nature) 2010年12月:31个大豆基因组重测序(Nature Genetics) 2014年10月:野生大豆泛基因组(Nature Biotechnology) 2015年2月:大豆在驯化和改良过程中遗传多态性明显...
前言 关于全基因组关联分析(GWAS)原理的资料,网上有很多。 这也是我写了这么多GWAS的软件教程,却从来没有写过GWAS计算原理的原因。 恰巧之前微博上某位小可爱提问能否写一下GWAS的计算原理。我一顺口就答应了...
目录 1. GS概况 2. GS模型 1)直接法 GBLUP 直接法的模型改进 ①单随机效应 ②多随机效应 2)间接法 间接法模型 基于间接法的模型改进 3. GS模型比较 模型比较结论 4.问题及展望 文献来源: 尹立林, 马云龙, 项韬, ...
1、在linux中安装好R 2、准备好画曼哈顿图的R脚本即manhattan.r,manhattan.r内容如下: #!/usr/bin/Rscript #example : Rscript plot_manhatom.r XXX.assoc XXX.pdf argv <- commandArgs() #define the funct...
目录 1. 优势杂交育种预测 2. GS育种原理与模型算法 岭回归和LASSO回归 贝叶斯方法 GBLUP和RRBLUP 偏最小二乘法 支持向量机/支持向量回归 其他方法 3. 模型预测能力验证 4. 局限性 基于数学建模的杂交种预测的一...
1. 打开NCBI 2. 输入物种名,以HPV为例: 搜索,到genomes分栏下面选择Assembly点击进去 3. 进去下面的界面,再点击RefSeq进入下载界面 4. 进入下载界面: HPV参考基因组下载界面:https://ftp.ncbi.nlm.nih.go...
参考资料: 【cfDNA专题】cell-free DNA在非肿瘤疾病中的临床价值(好) ctDNA, cfDNA和CTCs有什么区别吗? cfDNA你懂多少? 新发现 | 基因是否表达,做个cfDNA全基因组测序就可揭晓 游离DNA Cell-Free DNA (cfDNA...
引言 在基因组分析中,我们经常会有这么一个需求,就是在一个fasta文件中提取一些序列出来。有时这些序列是一段完整的序列,而有时仅仅为原fasta文件中某段序列的一部分。特别是当数据量很多时,使用肉眼去挑选序...