在Tomcat中设置JNDI数据源，可以按照以下步骤进行：
1、在Tomcat的conf文件夹中的context.xml文件中添加以下内容：
<Resource name="jdbc/myDataSource" auth="Container" type="javax.sql.DataSource"
maxActive="100" maxIdle="30" maxWait="10000"
username="your_username" password="your_password" driverClassName="com.mysql.jdbc.Driver"
url="jdbc:mysql://localhost:3306/mydatabase" />
其中name属性是JNDI名称，username和password是数据库的用户名和密码，driverClassName是数据库驱动类，url是数据库连接的URL。
2、在应用的web.xml文件中定义数据源的引用：
<resource-ref>
<description>My DataSource</description>
<res-ref-name>jdbc/myDataSource</res-ref-name>
<res-type>javax.sql.DataSource</res-type>
<res-auth>Container</res-auth>
</resource-ref>
3、在应用中使用JNDI数据源：
Context initContext = new InitialContext();
Context envContext = (Context) initContext.lookup("java:comp/env");
DataSource ds = (DataSource) envContext.lookup("jdbc/myDataSource");
Connection conn = ds.getConnection();
通过以上步骤，就可以在Tomcat中设置和使用JNDI数据源了。
